民営化後
しかし、1991年12月に西日本旅客鉄道労働組合(JR西労組)とJR西日本労働組合(JR西労)が分裂して以来、JR西日本会社とJR西日本の第一組合であるJR西労組が、組合員が少ないJR西労に対して、組織破壊活動の手段として、現場管理者も暗黙の了解で利用されることがあった。
なお、JR西日本の自殺者はJR西労の所属であり、2005年4月25日にJR福知山線脱線事故で事故を起こした運転士はJR西労組の所属であった。いずれも分割・民営化に賛同し、国労と敵対した組合(JR西労はかつての国鉄動力車労働組合(動労)系が中心、現在は全日本鉄道労働組合総連合会(JR総連)傘下。JR西労組はかつての鉄労系が中心、現在は日本鉄道労働組合連合会(JR連合)傘下)の後身である。
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その後JR西日本では福知山線脱線事故を受けて、懲罰的・暴力的な内容を取りやめ、期間も最長で概ね22日間にするなど見直しをしている。JR東海ではJR西日本と同様な懲罰的・暴力的内容の日勤教育があったが、懲罰的・暴力的な内容は廃止された。JR九州では日勤教育の期間短縮や内容の一部を見直すなど、鉄道各社に教育方法の見直しの動きが出ている。JR北海道、およびJR東日本では、日勤教育という懲罰的制度自体が存在しないとコメント。しかし後に尼崎東署捜査本部の調べでJR西日本の日勤教育は他社との差異がないことが明らかになった。
2007年2月1日の国土交通省航空・鉄道事故調査委員会の意見聴取会(鉄道事故では初めて)で、JR西日本の丸尾和明副社長(現:日本旅行社長)は「日勤教育が事故原因と結びつけるのは不適当」と日勤教育の有益性を主張した。「日勤教育は必要かつ有益」との丸尾の発言は遺族らの批判を浴びた。しかし、航空・鉄道事故調査委員会は2007年6月28日、事故の原因に日勤教育があるとする最終報告書を発表した。